Відважній четвірці черепашок-ніндзя - Донателло, Мікеланджело, Рафаелю і Леонардо - належить цього разу рятувати місто від небезпеки, буквальним чином, яка нависла над ним з небес. Загроза виходить від підступних інопланетян. Допомагати головним героям будуть вже знайомі по першому фільму репортерша Ейпріл і її оператор Верн Фенвік.